Воскресенье, 2020-10-25, 9:04 AM
Коллекция материаловГлавная

Регистрация

Вход
Приветствую Вас Гость | RSS
Меню сайта
Главная » 2014 » Август » 14 » Скачать О достоверности процедуры выравнивания первичных структур биополимеров. Поляновский, Валерий Олегович бесплатно
10:57 PM
Скачать О достоверности процедуры выравнивания первичных структур биополимеров. Поляновский, Валерий Олегович бесплатно

О достоверности процедуры выравнивания первичных структур биополимеров

Диссертация

Автор: Поляновский, Валерий Олегович

Название: О достоверности процедуры выравнивания первичных структур биополимеров

Справка: Поляновский, Валерий Олегович. О достоверности процедуры выравнивания первичных структур биополимеров : диссертация кандидата физико-математических наук : 03.00.03 / Поляновский Валерий Олегович; [Место защиты: Ин-т молекуляр. биологии им. В.А. Энгельгардта РАН] - Москва, 2008 - Количество страниц: 90 с. ил. Москва, 2008 90 c. :

Объем: 90 стр.

Информация: Москва, 2008


Содержание:

СПИСОК ТЕРМИНОВ И СОКРАЩЕНИЙ
ВВЕДЕНИЕ
Глава 1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
11 Основы изменчивости генома:
12 Сравнение последовательностей и алгоритмы выравнивания
13 Выравнивание последовательностей методом динамического программирования
14 Выравнивание и расстояние
15 Выравнивание и сходство
16 Вхождение одной последовательности в другую
17 Поиск сходных фрагментов

Введение:

В последние годы установлены нуклеотидные последовательности большого числа геномов различной сложности - в том числе секвенированы геномы человека и нескольких млекопитающих. Установлено приблизительное число генов, кодирующих белки. В результате посттранскрипционных процессов число белков увеличивается в 2-3 раза по сравнению с числом кодирующих генов. Есть большое число родственных генов и, соответственно, родственных белков, объединяемых в семейства, некоторые из которых состоят из многих сотен представителей. Например, семейство иммуноглобулинов, семейства других белков, которые по степени сходства и функциональным свойствам подразделяют на подсемейства. Постоянно возникает необходимость сопоставления полипептидных последовательностей для установления степени родства, выявления наиболее консервативных и потенциально значимых участков. Аналогичные задачи стоят при исследовании родственных белков из разных организмов, находящихся на разных ступенях эволюции. Их решение позволяет устанавливать степень родства, а также скорость эволюции тех или иных белков. Для сравнения родственных полипептидных последовательностей, а также выявления врожденных и соматических мутаций проводится процедура выравнивания.
В последние годы в различных областях медицины исследуется генетический полиморфизм в отдельных локусах генома человека: анализ мутаций при диагностике наследственных заболеваний, определение наследственной предрасположенности к онкологическим заболеваниям, а также диагностика этих заболеваний на ранних стадиях (Senchenko et al,2004; Kolchinski??, Barski?, Zasedatelev, 2007; Rubina et al., 2008; Amit et al, 2007). Аналогичные задачи стоят при исследовании родственных белков из разных организмов, находящихся на разных ступенях эволюции. Их решение позволяет устанавливать степень родства, а также скорость эволюции тех или иных белков, разрешать проблемы молекулярной филогении (Koonin et al. 2000, Makarova, Kramerov, 2007).
Формально, выравнивание двух последовательностей представляет собой процедуру размещения символов одной последовательности под другой с добавлением пробелов, таким образом, чтобы взвешенная сумма сопоставленных позиций (премии) и пробелов (штрафы) достигало экстремального значения (минимума или максимума, в зависимости от метода расстояний или сходства).
Задача построения алгоритма для осуществления такой процедуры на основе методов динамического программирования была решена разными авторами (Туманян с соавт., 1966; Needleman and Wunsch, 1970; Smith and Waterman, 1981; Поройков с соавт., 1984). Среди наиболее широко используемых алгоритмов выравнивания укажем BLAST (Altschul, et al. 1990), FASTA (Lipman and Pearson, 1985). В последнее время разработан ряд алгоритмов для выравнивания последовательностей, учитывающих специфику вторичных структур белков (Wallqvist et al., 2000; Литвинов с соавт., 2006), а также их пространственных структур (Yang, 2002). При этом важно понимать -насколько алгоритмическое выравнивание, полученное оптимизацией той или иной целевой функции, восстанавливает эволюционное выравнивание аминокислотных последовательностей, т.е. такое выравнивание, в котором сопоставлены те позиции сравниваемых белков, которые происходят от одной и той же позиции их общего предка. Так, например, для построения эволюционных деревьев аминокислотных последовательностей в настоящее время широко применяются методы, основанные на определении расстояния между последовательностями (Saitou and Neil, 1987). Способы измерения расстояния между двумя последовательностями можно отнести к двум классам: 1-й — простым подсчетом доли (процентного содержания) несовпадающих позиций; 2-й — с использованием матриц весов замен аминокислот (Hollich et а1., 2005). При1 применении способов измерения расстояния второго типа необходимо иметь достоверные выравнивания каждой пары последовательностей, расстояние между которыми определяется. Процедура выравнивания, применяемая с целью выявления мутаций и делеций в белках, может иметь первостепенное значение для диагностики и выбора стратегии терапии заболеваний. Таким образом, решение вопроса о биологической корректности алгоритмически полученных выравниваний является актуальной задачей.
Цель настоящей работы состояла в разработке универсального метода оценки эффективности процедуры выравнивания двух последовательностей в зависимости как от эволюционного расстояния между выравниваемыми последовательностями, так и от типа применяемой процедуры выравнивания (алгоритм для глобального выравнивания Нидлмана-Вунша и для локального выравнивания Смита-Ватермана). Исходя из поставленной цели, были сформулированы задачи исследования:
1. На основании существующей модели эволюции аминокислотных последовательностей оценить качество восстанавливаемости истинных выравниваний методом глобального выравнивания; выяснить причины неточного восстановления истинных выравниваний.
2. На основании предложенной эволюционной модели произвести сравнительную оценку качества выравниваний, построенных глобальным и локальным алгоритмами; выявить предельные условия применения глобального и локального алгоритмов выравнивания.

Скачивание файла!Для скачивания файла вам нужно ввести
E-Mail: 1662
Пароль: 1662
Скачать файл.
Просмотров: 106 | Добавил: Диана33 | Рейтинг: 0.0/0
Форма входа
Поиск
Календарь
«  Август 2014  »
ПнВтСрЧтПтСбВс
    123
45678910
11121314151617
18192021222324
25262728293031
Архив записей
Друзья сайта
  • Официальный блог
  • Сообщество uCoz
  • FAQ по системе
  • Инструкции для uCoz
  • Copyright MyCorp © 2020 Создать бесплатный сайт с uCoz